组织机构
职能部门
改革与发展研究室、安保委办公室、地方合作办公室、大零号湾专项办公室、特区学院协调办公室；信访工作办公室、法律事务室、机要室
办公室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、综合业务室
党委党校、机关党委、老干部处、党委机构编制委员会办公室
资讯中心、精神文明办公室；网络宣传与管理领导小组办公室
党委统战部
与人力资源处合署
学生处、团委、人民武装部；学生事务中心
妇女工作委员会
国家卓越工程师学院
合署：招生办公室
前沿创新研究院、先进技术与装备研究院、先进产业技术研究院、学术发展与成果处、科研质量管理处、地方研究院管理处、海洋专项推进工作办公室
智库中心
港澳台办公室；出入境管理与服务中心、留学生发展中心
党委教师工作部、人才引进与服务中心；退休人员事务中心，人才工作领导小组办公室
重点建设办公室、信息化推进办公室
实验室安全与环保中心
直属单位
- 图书馆
- 档案文博管理中心
- 教育技术中心
- 网络信息中心 （网络安全和信息化领导小组办公室）
- 分析测试中心
- 学生创新中心 （创业学院）
- 教学发展中心
- 终身教育学院
- 钱学森图书馆
- 后勤保障中心
- 附属中学
- 系统生物医学研究院
- 期刊中心
- 新加坡研究生院
- 海洋装备研究院
- 转化医学研究院/专项建设办公室
- 变革性分子前沿科学中心
- 张江高等研究院
- 上海海洋装备前瞻技术研究院
- 校区建设指挥部办公室
- 基础教育办公室
- 深远海全天候驻留浮式研究设施指挥部办公室
直属研究平台
- 李政道研究所
- 廉政与法治研究院
- 元知机器人研究院
直管企业
- 上海交大企业发展集团2277con太阳能集团
- 上海交通大学出版社2277con太阳能集团
- 上海交大教育服务产业投资管理（集团）2277con太阳能集团
- 上海交大海洋水下工程科学研究院2277con太阳能集团
- 上海交大常识产权管理2277con太阳能集团
附属医院
- 瑞金医院
- 仁济医院
- 新华医院
- 第九人民医院
- 上海市第一人民医院
- 上海市第六人民医院
- 上海儿童医学中心
- 上海市儿童医院
- 上海市胸科医院
- 上海市精神卫生中心
- 国际和平妇幼保健院
- 同仁医院
附属学校
- 上海交通大学附属中学
- 上海交通大学附属第二中学
- 上海交通大学附属小学
- 上海交通大学附属实验小学
- 上海交通大学幼儿园
- 上海交通大学闵行幼儿园
- 上海交通大学附属闵行马桥实验学校
- 上海交通大学附属黄浦实验中学
- 上海交通大学附属黄浦实验小学